硫酸铜可用于防治原生动物引起的鱼病，如卵鞭虫病、隐鞭虫病、鱼波豆虫病、毛管虫病、斜管虫病、车轮虫病等，也可防治甲壳动物引起的鱼病，如中华鱼蚤病。全池泼洒的用药浓度：春、秋季为0.7毫克／升（硫酸铜与硫酸亚铁之比为5∶2，下同），夏季应降到0.5毫克／升～0.6毫克／升。用药时间尽量选择晴天午后进行，全池均匀泼洒。用药后要做好解救鱼浮头的准备工作。
    常用药浴浓度为8毫克／升，或硫酸铜8毫克／升加漂白粉10毫克／升，药浴10分钟～30分钟。以上2种配方均可杀灭鱼体表和鳃上的细菌、原虫，对未形成胞囊的粘胞子虫也有效。渔具用20毫克／升硫酸铜溶液浸泡30分钟，可杀灭原虫。食场消毒可在鱼病流行季节定期进行，每次用硫酸铜100克、硫酸亚铁40克，溶解于水后泼洒在食场周围，面积控制在80平方米～100平方米，先泼药后上食，每天1次，连用二三天，以防治原生动物性疾病。